آیتالله اکبر هاشمی رفسنجانی در خاطراتش از توصیه امنیتی به وی مبنی بر پرهیز از ملاقات با آیتالله خامنهای در سال 60 نوشته است.
به گزارش خبرآنلاين، او در کتاب «عبور از بحران» در بخش خاطرات خود از 5 مرداد سال 60 نوشته است: «اول شب به عیادت آقایان خامنهای و اشراقی رفتم. حال آقای خامنهای بهتر است و حالآقای اشراقی خطرناک. بعضی از برادران دلسوز توصیه نمودند که این همه به بیمارستان نروم،به خصوص که منافقین قبلا در مریضخانه، نفوذ زیادی داشتهاند و اسم آن را بیمارستان مهدیرضائی گذاشتهاند و میتوانند در آنجا کمین برای ما برقرار کنند، اما با توجه به اشتیاقی که بهملاقات آقای خامنهای دارم و نیز ضرورت مراقبت از ایشان، ترجیح میدهم بروم.»
در خاطرات او از 5 مرداد 61 در کتاب «پس از بحران» نيز آمده است: خبرگزاریها اطلاع دادهاند که یاسر عرفات سندی امضا کرده و همه مصوبات سازمان ملل رااز جمله آنها که خواهان به رسمیت شناختن اسرائیل است، تأیید کرده ولی هنوز خبر تأیید نشدهاست. گویا آقای [میرحسین موسوی]نخست وزیر موضع مخالفت تندی در این خصوص اعلامکرده. به وزیر خارجه گفته است که در این خصوص با من و رئیس جمهوری مشورت شود.
5 مرداد سال 63، يک روز جمعه بوده که هاشمي رفسنجاني به عنوان امام جمعه موقت تهران.در مورد تظاهرات ضدبی حجابی در هفته گذشته و برخورد آنها با کمیته [انقلاب اسلامی] و وزیرکشور، سخن گفته است.
او در کتاب «به سوي سرنوشت» ادامه داده است: ساعت چهار بعد از ظهر، جلسهای با فرماندهان ارتشی و سپاهی تشکیل شد. آقای خامنهای هم [به جلسه] رسیدند؛ به روال دیروز بحثها ادامه یافت. مسئولان جهاد سازندگی، توضیحات خوبی درباره تهیه امکانات برای عبور از آب دادند. ابتکارات جالبی در تعمیر پلهای پی.ام.پی وساحلسازی و استفاده از طرادهها و کانالکشی دادند. [با ارائه این ابتکارات]، بخشی از اشکالات مهم جلسه دیروز را رفع کردند. بعد از رفتن آنها، باز مخالفان طرح، از افسران ارتش و فرماندهانسپاه، مشکلات جدیدی را مطرح کردند. عجیب این بود که آقای [محسن] رضائی و آقای موسوی قویدل که خودشان طرح را تهیه و امضاء کرده بودند، به شدت با طرح مخالفت کردند و تقریبا هیچکس در موافقت صحبت نکرد. آقای صیاد[شیرازی] تنها موافق طرح است که ایشان نیز دفاعی ازطرح نکرد. گویا آقای رضائی و مشاور ارتش، طرح دیگری در نظر دارند و نمیخواهند فعلا آن را بگویند،چون غافلگیری عنصر مهم در موقعیت عملیات سپاه است و گفتن طرح، خطر افشا شدن را دارد ومن هم رازداری در این مورد را قبول دارم و فشاری وارد نمیکنیم که بگویند.