این مرکز در دولت سازندگی زیرنظر ریاستجمهوری فعالیت میکرد اما مقارن با
پایان ریاستجمهوری هاشمی رفسنجانی، وی ترجیح داد مرکز تحقیقات استراتژیک
را همراه خود کرده و به مجمع تشخیص مصلحت نظام الحاق کند. موسویخوئینیها
اولین رئیس این مرکز بود و سپس - تا انتخابات ریاستجمهوری اخیر- حسن
روحانی این مرکز را اداره میکرد.به دنبال انتخاب دکتر روحانی به
ریاستجمهوری، مذاکراتی از سوی هاشمی با آیتالله امینی امامجمعه قم و
ناطق نوری عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام صورت گرفت که بنابر اعلام علیخانی(از
مشاوران هاشمی) به نتیجه نرسید.
آیتالله امینی در این خصوص اعلام کرد که هاشمی از او خواسته تا با قبول ریاست مرکز تحقیقات استراتژیک جانشین حسن روحانی شود.
وی
گفت: ایشان صحبتهایی در این خصوص کردهاند، ولی من نپذیرفتم. برای اینکه
من دیگر توانش را ندارم. آنجا یک مرکز مهمی است و کار میخواهد من هم
نمیتوانم ناظر ظاهری باشم و اگر پذیرفتم باید انجام وظیفه کنم، کما اینکه
کارهایم تاکنون اینگونه بوده است.اکنون گزارش «ندای انقلاب» حاکی از آن
است که محمدرضا عارف شنبه شب دیداری با هاشمی رفسنجانی داشته و جانشینی حسن
روحانی در مرکز تحقیقات استراتژیک را پذیرفته است.پیش از این اصرار
اصلاحطلبان مبنی بر انتصاب عارف به عنوان معاون اول رئیسجمهور با امتناع
دکتر روحانی مواجه شد.حجاریان در خاطرات خود تصریح میکند که وی و طیف
متبوع وی هاشمی را قبول نداشتند اما با این وجود سعی کردند در مرکز تحقیقات
استراتژیک پروژه توسعه سیاسی خود را پیش ببرند.