ايشان فرزند علامه سيد اسدالله خوانساري است و نگاهي به اسامي ساير اجداد ديگر ايشان ثابت ميكند كه شجره مباركشان به سرچشمه دانش و عصمت يعني امام موسي بن جعفر (ع) ميرسد.
سيد محمدتقي در كودكي به مكتب رفت و خط را آموخت و از همان زمان، تمايز او با ساير شاگردان مكتب مشخص شد؛ چرا كه تصميم گرفت تا قرآني را به خط خود به نگارش درآورد و وقف مسجد كند و چنين كرد.
او پس از مكتب، وارد حوزه علميه خوانسار كه در آن زمان به بركت پدران سيد محمدتقي و ديگر فرزانههاي علمياش رونقي داشت، شد و پايههاي مقدماتي علوم اسلامي را فرا گرفت.
پس از آن بود كه با مشورت پدر، به حوزه علميه نجف اشرف هجرت كرد تا در محضر اعاظم مراجع و فقها، به تحصيلات خود ادامه دهد.
خوانساري جوان چهار سال در درس فقيه و محقق بزرگ اصولي آيت الله آخوند خراساني شركت كرد و در كنار اين درس، به محضر فقيه برجسته آيت الله سيد محمد كاظم طباطبايي يزدي هم شتافت. او پس از ارتحال اين دو استاد بي بديل، از درسهاي ارزشمند مراجع معظم تقليد يعني آيت الله نائيني و آيت الله آقا ضياءالدين عراقي هم بهرهها برد و به دريافت درجه اجتهاد از دست بسياري از بزرگان حوزه نجف اشرف مفتخر شد.
اما با شروع جنگ جهاني اول، بصره و حوالي آن به تصرف قواي انگليس درآمد و دولت عثماني از روحانيون كمك طلبيد. اين بود كه علماي شيعه با آنكه استبداد دولت بر اكثريت شيعيان عراق مستولي بود، اما نتوانستند در چنين هنگامهاي، ناظر به پايمال شدن سرزمين مقدس عراق شوند و به همين دليل، جمع بسياري از فقها و علما، فتواي جهاد دادند.
در اين ميان آيتالله سيد محمدتقي خوانساري نيز كرسي درس و تحقيق را رها كرد و در صف رهسپاران جهاد قرار گرفت كه البته به مجروحيت ايشان هم منجر شد؛ اما همين حضور علما و فقها در جبهه، موجب شد تا عموم مردم به حضور در برابر نيروهاي بيگانه تشويق شوند و جهاد با آنان را وظيفه خود بشمارند.
حضور جهادي ايشان البته با اسارت هم همراه شد و اين عالم مجاهد، چهار سال اسارت را تا آزاد شدن تحمل كرد و برگ زرين ديگري در كارنامه زندگي خود بر جاي گذاشت.
آيتالله خوانساري بعد از رهايي از اسارت، به زادگاهش خوانسار بازگشت. در آن روزگاران، آوازه حوزه نوبنياد اراك، در همه جا پيچيده بود و از همين رو، معظمله به احترام آيت الله حائري يزدي، به اراك كوچيد و در درس ايشان شركت جست و خود نيز جداگانه به تدريس فقه، اصول و حكمت پرداخت.
ديري نگذشت كه توجه آيت الله حائري را به خود برانگيخت و در زمره ياران نزديك و مشاوران برجسته (هيأت استفتايي) آيت الله حائري قرار گرفت. آيت الله خوانساري پس از آن، مشوّقي براي هجرت آيت الله حائري به قم بود.
اينگونه بود كه حوزه علميه مباركه قم پا گرفت و پس از سالياني، در سوگ بنيانگذار خود يعني آيت الله حاج شيخ عبدالكريم حائري يزدي به سوگ نشست. در آن موقعيت خطير، حضرات آيات صدر، حجت كوه كمرهاي و البته آيت الله خوانساري، به عنوان سه تن از شاگردان و همراهان برجسته بنيانگذار حوزه علميه قم، براي تصدي مسؤوليت حوزه و عهدهداري رهبري ديني مردم مورد توجه قرار گرفتند.
در اين ميان آيت الله خوانساري با شايستگيهاي فراوان اخلاقي و علمي كه داشت، پيشگام نشد و تلاش كرد با همراهي ساير بزرگان، اداره حوزه را به بهترين شكل بر عهده گيرد. مديريت اين سه مرجع عاليقدر البته پس از چندي بر اين استوار شد تا براي استقرار وحدت رهبري ديني مردم و زدودن شائبههاي تفرقه، آيتالله بروجردي را به قم فرا خوانند و با اصرار زياد او را بر اين مسند خطير نشانند.
پس از آن، آيت الله خوانساري بر تدريس در حوزه علميه قم و تربيت شاگردان متمركز شد تا جمع زيادي از فضلا و طلاب، افتخار شاگردي ايشان را بيابند كه از آن جمله ميتوان به آيت الله شيخ محمدعلي اراكي و آيتالله آقا مجتبي عراقي اشاره داشت.
اما يكي از ويژگيهاي بارز زندگي نوراني اين مرجع معظم، نماز كم نظير ايشان در مدرسه فيضيه قم بود.
ايشان خود درباره اقامه نماز ميفرمود:
«به نماز كه مي ايستم مثل اين است كه با خدا شفاهي صحبت ميكنم و انگار با پروردگار، رخ به رخ هستم.»
چنين بود كه در اين نماز پرشكوه، حتي مقدس مآباني كه ترديدشان در عدالت امامان جماعت بسيار بود و به هركس اقتدا نميكردند، بيهيچ واهمهاي با آيتالله خوانساري به نماز مي ايستادند. البته جالب هم اين بود كه اگر برخي شبها ايشان نميتوانست به نماز جماعت بيايد، امام خميني كه از استادان مشهور آن روزگاران حوزه علميه قم بودند به امر ايشان در جايگاهش ميايستادند و اقامه نماز ميفرمودند.
همچنين بايد به اين نكته هم اشاره داشت كه با توجه به نظرگاه فقهي آيتالله خوانساري، مبني بر واجب احتياطي بودن نماز جمعه، ايشان نماز جمعه مهجور و متروك مانده را در فيضيه قم مجددا احيا فرمود و پس از مدتي كه اين مدرسه گنجايش نمازگزاران را نداشت و اين نماز به مسجد امام حسن عسكري (ع) منتقل شد. بايد گفت برگزاري اين نماز جمعه در قم، چنان مبارك بود كه به دنبال آن نماز جمعه در بيشتر شهرهاي كشور جاني تازه گرفت.
از ديگر مقاطع به ياد ماندني زندگي اين مرجع عاليقدر ميتوان به سفر ايشان به مكه و رونق دوباره حج و البته فتواهاي به ياد ماندني و وحدت بخش ايشان درباره اقامه نماز جماعت با برادران اهل سنت اشاره كرد.
در عين حال فتواهاي شورآفرين آيت الله خوانساري همگام با ساير مراجع و علما، مبارزه با كشف حجاب را وارد فضاي جديتري كرد و البته همراهي آن مرجع عاليقدر با آيت الله سيد ابوالقاسم كاشاني در نهضت ملي شدن صنعت نفت و قطع شدن دست بيگانگان از اين ثروت ملي هم در حافظه تاريخي ايرانيان ثبت و ضبط است.
اين مرجع عاليقدر سرانجام پس از سالها مجاهدت در زندگي مجاهدانه علمي و عملي اش، به ملكوت اعلي پيوست و حوزههاي علميه را غرق در ماتم و عزا كرد.
مزار مطهر اين عالم كم نظير در مسجد بالاسر حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه (س) و هم آغوش استادش، آيت الله شيخ عبدالكريم حائري يزدي، ملجأ و پناهگاه دوستداران علم و فقاهت است.