نمايندگي امام در بنياد مستضعفان از سال 1359 و همكاري با اوقاف و امور خيريه از فعاليت هاي قابل توجه جانبي ديگر آيت الله شاه آبادي بود. در طول مدت دفاع و جنگ تحميلي در فرصتهاي به دست آمده در جمع رزمندگان اسلام و در كنار آنان در جبههها حضور مييافت. بالاخره در واپسين مرحلهاي كه آيت الله از مناطق جنگي جنوب بازديد ميكرد، در منطقه عملياتي جزيره مجنون در اثر انفجار و اصابت تركش در ششم ارديبهشت ماه سال 63 در حالي كه در جمع رزمندگان اسلام حضور داشت به شهادت رسيد.
فرازهايي از سخنان اين شهيد والامقام در ادامه ميآيد:
* با قرآن مأنوس شويد. بگذاريد بوي قرآن بگيريد. بوي قرآن گرفتن اين طور نيست كه فقط صوتت زيبا شود يا قرائتت قشنگ باشد. يعني اين كه وقتي فرمايش خداوند را ميخواني بفهمي خدا چه ميگويد و تو بر اساس آن خود را اصلاح كني، يعني قرآن در باطن تو يك ناصح شود و هميشه به تو تذكر بدهد كه خلاف نكني. انسانهاي جامعه اسلامي بايد اين گونه باشند.
* تا انسان در خود تلاشي ايجاد نكند، خودسازي ايجاد نميشود. هر چند محيط مساعد خيلي مهم است اما اين تلاش انسان است كه بايد در درونش يك تحول ايجاد كند و اشكالات خود را بسنجد و برطرف كند و راه را بيابد.
* اگر عقيده و حركات خود را به سمت خدا جهتگيري كنيم متوجه ميشويم كه لفظ خدا در همه لحظات، خصوصاً لحظاتي كه دچار مشكل ميشويم موجب تسكين و تقويت روحي ما ميشود. خداوند باريتعالي در بسياري موارد، عنايات خود را در دلهاي شكستهاي كه داراي باطني نوراني هستند، حتي اگر داراي كمترين معلومات ديني و تحصيلات علمي باشند، قرار داده كه اين عنايات خاصه را ميتوان با تهذيب نفس و تأمل عميق در اسرار خلقت كسب كرد و محرم اين وادي عظيم الهي گشت.
* تنها با وجود تحركات خداگونه و الهي است كه انسان ميتواند به پلۀ اشرف مخلوقاتياش پا بگذارد.
* بايد در كنار ارزشهاي معنوي و اخلاقي، به علم روز هم مجهز شويم و گرنه دنيا بيتوجه از كنارمان خواهد گذشت.
* دشمن هر روز كه صفوف فشرده شما را در اين جماعتها و جمعيتها مينگرد، خشمگينتر ميشود و هر روز مايوستر ميگردد. اين ياس دشمن را تبديل به نويد و اميد نكنيد.
* يكي از خطرات اين است كه وقتي صداي اذان را ميشنوي بگويي حالا كو تا آخر وقت؟!
* زنان و دختران جامعۀ ما بايد كاري كنند كه جامعه در مقابل قداست، تقوا و پاكي آنها تواضع كند!
* كسي كه تحّولخواه است، بايد تحّمل رنج و فشار را هم داشته باشد!
* هرگاه تصميم بگيري خودت را بسازي، تفكرت را بسازي و در اين باره مطالعه كني از همه عبادتها بالاتر است. «ساعه تفكر افضل من عبادته سبعين». يك لحظه تفكر بالاتر از هفتاد سال عبادت است.
* شهادت آيتالله بهشتي باعث شد زندگي نويني در جامعه شكل بگيرد و يك حيات جديد در انقلاب به وجود آيد. قرآن نيز صريحا تأكيد دارد كه «شهادت را مرگ مپندار» . جامعه ما نيز با همه وجودش دريافت ميكند كه حياتش رهين اين شهادتهاست. عجيب است كه در اوج خطرها، يكي از اين خونهاي پاك، همه خطرها را كنترل كرد. آري نهضت حسيني را خون حسيني ميتواند حفظ كند و از خطر نجات دهد.
* وقتي انسان در زندگياش خدا را معيار امور قرار دهد نهايتاً به مرحلهاي ميرسد كه شخصاً ميتواند اعمالش را سنجش كند و به خود بگويد كاري كه الآن انجام ميدهم تا چه اندازه مورد رضاي خدا است.
* با ازدواج و تشكيل خانواده، قدرت جامعه بيشتر ميشود.
* ماه رمضان، مركز مهمات سازي جامعه توحيدي است.
* بايد از سرزمين وحي، افكار رسولالله(ص) را سوغات ببريم.
* اگر شهادت ميتواند نظام توحيديمان را حفظ كند، اگر شهادت ميتواند دشمن را ذليل كند، اگر شهادت ميتواند تفكر و بينش اسلاميمان را به دنيا اعلام كند ما آماده اين شهادتيم.
* ما نميخواهيم در جنگ فيزيكي برنده باشيم. ما ميخواهيم پيروز جنگ عقيدتي باشيم.
* جهاد يعني برداشتن خارهاي راهي كه به خدا ميرسد.
* انقلاب ما نشان ميدهد كه ما از تلاشهاي دشمن در هراس نيستيم، چرا كه هر چه دشمن تلاش ميكند جامعه ما هوشيارتر ميشود.
* شهيد انرژي لازم براي حركت به سوي كمال را به كالبد جامعه اسلامي ميدمد.
* خدايا ما عاشق شهادتيم و در مكتب شهادت پرورش يافتهايم، به حق مهديات هر چه زودتر اين مقام بزرگ را در ركاب حضرت مهدي(عج) نصيب ما بفرما.
* اين به نفع ماست كه دشمن ما را رها نكردهاست، دشمن با همين درگيرياش تمام نيروهاي معنوي ما را بسيج ميكند و به اوج انسانيت ميكشاند.