بعد از این اتفاق فشارها برای پاک شدن این پرچم ها از سوی عده ای و برخی نهادهای دانشگاه شروع می شود تا اینکه روز شنبه ۱ آذر ماه در ساعات نیمه شب افرادی که گفته می شود منتسب به دانشگاه هستند به طور مخفیانه و شبانه اقدام به ریختن تینر بر روی پرچم ها می نمایند تا اینطور القا شود که باران مسبب این تخریب بوده است!
توجیه پاک شدگی پرچم اسرائیل با باران در حالی است که اولا نوع پاک شدن قسمتهایی از پرچم کاملاً نشان از تخریب عمدی دارد و ثانیا بعد و قبل آن حادثه بارها باران در شهر تهران می بارد ولی کوچکترین تأثیری روی پرچم نمی گذارد.
بیش از ۲۰۰ نفر از اساتید و دانشجویان دانشگاه علم و صنعت با امضای طوماری ضمن اعتراض به این اقدام، از مدیریت دانشگاه مطالبه کردند که این پرچم ها به طور مداوم توسط مدیریت، به عنوان نماد استکبارستیزی دانشگاه علم و صنعت حفاظت و تجدید رنگ شود.