اما برخلاف این قانون، خاتمی با شرکت در جلسات مختلف و جلسات هماهنگی اصلاحطلبان، خط و مشی قبلی خود را پیگیری می کند.
خاتمی طی اظهار نظرهای جدیدش در جلسات محفلی با اصلاحطلبان گفته است که آخرین استراتژی این است که باید دانشگاههای ما تحرک بیشتری داشته باشند.
وی گفته است: موتور محرکه ما دانشگاه است و نباید بگذاریم این فضا به دست مخالفان بیفتد.
خاتمی در ادامه از روندی که فرجی دانا در دانشگاه ها دارد دفاع و حمایت کرده و تأکید کرده است که روند فعلی در دانشگاه ها بسیار خوب است و باید به همین ترتیب باشد.
فرجی دانا، وزیر علوم تا کنون بیشترین میزان عزل و نصبها را داشته است و حتی برخی از دانشگاهها تا مدتها از داشتن رئیس محروم بودند؛ چرا که فرجی دانا قبل از انتخاب ریاست جدید، ریاست قبلی را برکنار کرده بود.
با این شرایط در وزارت علوم نمایندگان مجلس طرح استیضاح فرجی دانا را کلید زدند که در نهایت با پادرمیانی برخی از نمایندگان این طرح متوقف شد؛ اما همچنان بحث استیضاح فرجی دانا در مجلس مطرح است.