طی دو حکم از سوی رییس چمهور، شمخانی به سمت دبیر شورای عالی امنیت ملی و ابتکار به سمت ریاست سازمان محیط زیست منصوب شدند.
محمدرضا صادق مشاور رييس جمهوري در گفت و گو با ايرنا اعلام كرد: دكتر حسن
روحاني رييس جمهوري اسلامي ايران طي احكام جداگانه اي علي شمخاني را به
عنوان دبير شوراي عالي امنيت ملي و خانم معصومه ابتكار را به عنوان معاون
رييس جمهوري و رييس سازمان حفاظت از محيط زيست منصوب كرد.
پیش از شمخانی، سعید جلیلی از سال 86 تا 92، علی لاریجانی از سال 84 تا
86 و حجت الاسلام حسن روحانی از سال 68 تا 84 به عنوان دبیر شورای عالی
امنیت ملی فعالیت داشته اند.