نگرانی دانشگاهیان از گزینه وزارت علوم

یلی‌منفرد از تحصیل‌کردگان فرانسه است که به تدریج مانند شمار زیادی از مدعیان اصلاح‌طلبی، از آرمان‌های نظام فاصله گرفت. او پس از استعفای مصطفی معین از وزارت علوم در دولت اصلاحات، به سرپرستی این وزارتخانه گمارده شد.
نامبرده در جریان حوادث فتنه‌آمیز سال 1388 جزو عناصر فتنه‌گری بود که اقدام به تجمع و تحصن در دانشگاه امیرکبیر کردند. بنابر برخی گزارش‌ها وی در تحریک طیفی از دانشجویان ایفای نقش می‌کرد و همان زمان به بهانه اعتراض به تقلب در انتخابات خواستار تعطیلی و تعویق امتحانات ترم دوم شده بود.
مرداد ماه سال 88 شماری از مقامات دولت اصلاحات و سازندگی به همراه برخی نمایندگان مجلس ششم اقدام به انتشار بیانیه‌ای مشترک در حمایت از جریان فتنه و القای تقلب و مهندسی انتخابات کرده و از سران فتنه حمایت نمودند. نام میلی‌منفرد در این بیانیه در کنار اسامی محسن آرمین، انصاری راد، علی باقری، محمدرضا بهزادیان، مرتضی حاجی، جلایی‌پور، رضا خاتمی، خانیکی، سازگارنژاد، شیرزاد، ناصر قوامی، مرتضی مبلغ، مزروعی، مسجد جامعی، معین، محمدعلی نجفی و فائزه هاشمی به چشم می‌خورد.
نامبرده در دولت اصلاحات نیز جزو حامیان طیف تندرو و ساختارشکن دفتر تحکیم بود و از حامیان تحصن در مجلس ششم به شمار می‌رود.