خلیلی بعد از اینکه با پیشنهاد یحیی گلمحمدی روبهرو شد صحبتهایی را با سرمربی صبا و همچنین مسئولان این باشگاه انجام داد و با آن ها به توافق رسید. قرارداد محسن 2 ساله است که سال دوم توافقی است. در ضمن او به نوعی جایگزین رضا عنایتی شده است که سال گذشته عملکرد خوبی در صبا داشت. گفتنی است که باشگاه صبا شماره 10 را به خلیلی داده و او فصل آینده با این شماره بازی خواهد کرد.