تنها یک سال پس از آن ستاره آلمانی شاگرد پپ گواردیولا شد که بعد از یوپ پانکس هدایت باواریایی ها را برعهده گرفته بود. بلافاصله رابطه بسیار خوبی بین تونی کروس و سرمربی اسپانیایی شکل گرفت و به نظر می رسید که این دو به درک متقابلی از یکدیگر دست پیدا کردهاند. با این وجود تنها پس از یک فصل همکاری بین کروس و گواردیولا پایان پذیرفت چراکه این هافبک آلمانی راهی رئال مادرید شد.
کروس در تابستان سال 2014 و در حالی که تنها یک فصل از قراردادش با بایرنمونیخ باقی مانده بود و با وجود تلاش هایی که گواردیولا برای ماندنش انجام داد، این تیم را به مقصد سانتیاگو برنابئو ترک کرد. در واقع به نظر میرسید که مدیران بایرن مونیخ و در رأس آنها کارل هاینس رومنیگه راضی به افزایش حقوق او بودند و از طرف دیگر اعتقاد داشتند که ماریو گوتزه میتواند کیفیت خط هافبک شان را تضمین کند.
هنگامی که پس از جدایی تونی کروس، بایرن مونیخ تحت هدایت پپ گواردیولا در نیمه نهایی لیگ قهرمانان اروپا از رئال مادرید شکست خورد نیز همه نگاهها بابت این باخت به تونی کروس معطوف شد. دیداری که پپ گواردیولا از دو هافبک تدافعی در ترکیب خود استفاده کرده بود.
شواهد حاکی از آن بود که تونی کروس احتمالاً به منچستر یونایتد خواهد پیوست اما تغییرات سرمربی در این تیم باعث شد که او با قراردادی به ارزش 25 یورو راهی پر افتخار ترین تیم فوتبال اروپا شود.
شش سال بعد از آن اتفاق حالا تونی کروس به یکی از بهترین هافبکهای فوتبال دنیا تبدیل شده و می توان از او به عنوان یکی از مهمترین ارکان موفقیت رئال مادرید طی سالهای گذشته یاد کرد. حتی بعد از آن گواردیولا علاقه داشت که تونی کروس را با خود به منچسترسیتی بیاورد اما این اتفاق رخ نداد. حالا هافبک آلمانی یک بار دیگر و در چهارچوب مسابقه برگشت یک هشتم نهایی لیگ قهرمانان اروپا مقابل گواردیولا و تیمش قرار خواهد گرفت.