در پی وقوع این حادثه حسن روحانی رئیس جمهور در نامه ای به جهانگیری تاکید کرد: "ضروری است دستگاههای امدادی و استانی، بهویژه وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و وزارت کشور با بسیج همه امکانات، اقدامات لازم را برای درمان سریعتر مصدومان به عمل آورند تا به یاری خداوند بهبودی و سلامتی آسیب دیدگان، هر چه سریعتر حاصل شود. همچنین لازم است وزارت راه و شهرسازی نسبت به بررسی دقیق دلایل وقوع این حادثه ناگوار اقدام و تمهیدات لازم را برای جلوگیری از تکرار چنین حوادثی به عمل آورد."
در حالی هنوز دلیل وقوع این حادثه رسماٌ اعلام نشده که راه آهن جمهوری اسلامی در اطلاعیه ای اعلام کرد: علت بروز این حادثه توسط کمیسیون رسیدگی به سوانح منطقه زاهدان و کمیسیون عالی سوانح راه آهن در دست بررسی است که متعاقبا در این خصوص اطلاع رسانی خواهد شد.
این در حالی است که دیروز استانداری سیستان و بلوچستان شن را عامل وقوع حادثه قطار زاهدان-تهران اعلام کرده بود. مدیرکل روابط عمومی استانداری سیستان و بلوچستان افزود: قطار زاهدان - تهران در منطقه «شورو» زاهدان در اثر گرفتگی ریل با ماسه بادی از راه آهن خارج و یکی از واگنهای آن واژگون شد.
در عین حال پیگیری ها از یکی مقامات مسئول حاکی از آن است که دلیل وقوع این سانحه باز شدن پیچ ریل در یک محدوده حدود 20 متری بوده است. طی سال های اخیر مقامات سابق و کنونی راه آهن جمهوری اسلامی ایران بارها از سرقت پیچ ریل خطوط راه آهن توسط سارقان خبر داده اند.