به گزارش سرویس اندیشه دینی پایگاه 598، آیتالله خویی بر خلاف تصوری که جریانات خاص ایجاد نمودهاند؛ نسبت به اوضاع سیاسی اطراف خود بیتفاوت نبود. نمونه سلطه حزب بعث بر عراق و جنایات آنان علیه مردم و حوزه علمیه که با واکنش منفی علمای نجف از جمله ایشان مواجه شد. این واکنش در حالی بود که کودتای حزب بعث با خونریزی و قساوتی عجیب تازه به پیروزی رسیده بود و در صورت عدم همکاری علما با این رژیم؛ احتمال هرگونه سرکوب و هتکی وجود داشت.
ساواک در خصوص واکنش منفی علما نسبت به رفتارهای جنایتکارانه حزب بعث گزارش میدهد:
«با وجود اينكه دولت عراق به منظور جبران اعمال غير انسانى معموله از طرف مأموران دولت در نجف و كربلا نسبت به مراجع دينى، شبيب المالكى، استاندار جديد كربلا را مأمور نموده كه ضمن ملاقاتى با مراجع دينى نسبت به دلجويى و تحبيب آنان اقدام نمايد، مع هذا علاوه بر آيتاللّه حكيم كه حاضر به ملاقات با مقامات دولتى نمى گردد، آيت اللّه خويى و خمينى و آيت اللّه شاهرودى نيز اتفاق نظر حاصل نموده اند كه از قبول هرگونه ملاقات با مقامات دولتى و نمايندگان آنان خوددارى نمايند. ضمناً طى هفتۀ گذشته شبيب المالكى، تصميم به ملاقات با آيت اللّه خويى و خمينى گرفته و نامبردگان از انجام ملاقات امتناع ورزيده اند.»