با توجه به سوابق محمد علی نجفی که منجر به رأی عدم اعتماد مجلس نهم به وی شده است اما رئیس جمهور همچنان اصرار دارد به وی پست کلیدی همچون سکانداری وزارتخانهای آموزش و پرورش را بسپارد.
وی در حالی قرار است بهعنوان کاندیدای تصدی وزارت آموزش و پرورش به مجلس معرفی شود که هماکنون مشاور اقتصادی رئیس جمهور، عضو شورای عالی میراث فرهنگی و عضو شورای سازمان پژوهش و برنامه ریزی آموزشی است.
نجفی البته در دولت یازدهم به مرد استعفا شناخته میشود، در هر 124 روز یک استعفا را در کارنامه خود دارد و در ابتدای دولت یازدهم آنگونه که اشاره شد بهعنوان وزیر پیشنهادی آموزش و پرورش به مجلس نهم معرفی و با 142 رأی موافق، 133 رأی مخالف و 9 رأی ممتنع از مجموع 284 تنها با اختلاف یک رأی از راهیابی به جمع وزرای کابینه روحانی بازماند.
از مهمترین دلایلی که وکلای ملت در جلسه 22 مرداد سال 92 به نجفی رأی اعتماد ندادند برخی اظهارات ضد و نقیض وی درباره فتنه سال 88 بود که در مهمترین موارد میتوان به امضای نامهای در حمایت از سران فتنه اشاره کرد که علیرضا زاکانی نماینده مردم تهران در مجلس نهم آن را مطرح کرده بود، نجفی از امضای آن نامه اظهار بیاطلاعی کرد اما با مدارکی که ارائه شد مشخص شد وبسایت رئیس دولت اصلاحات نیز این نامه را با امضای نجفی منتشر و آن را تأیید کرده است.
یکی از مواردی که در جلسه روز رأی اعتماد به نجفی در مجلس مطرح شد حضور وی در تجمع دانشجویان دانشگاه شریف در تاریخ 16 آذر سال 88 بود که وی اعلام کرده بود پس از نماز جمعه 29 خرداد همان سال وی در هیچ راهپیمایی شرکت نکرده است اما عکسی از وی در فضای مجازی منتشر شده که وی را میان تجمع کنندگان مقابل دانشگاه شریف نشان میدهد.
در جلسه روز 22 مرداد سال 92 نجفی در دفاع ازخود در ممانعت از نامگذاری میدانی در تهران به نام 9 دی نیز اعلام کرده بهدلیل اینکه این میدان به نام آیتالله حقشناس بوده وی مخالف این نامگذاری بوده اگرچه چمران رئیس شورای شهر تهران این گفته نجفی را تکذیب کرده و اعلام کرده بود میدانی در تهران بهعنوان آیتالله حقشناس در تهران وجود ندارد.
علیرضا زاکانی که در جلسه 22 مرداد سال 92 در مخالفت با محمد علی نجفی، وزیر پیشنهادی وزارت آموزش و پرورش سخن گفت، ضمن اشاره به حوادث پس از انتخابات ریاست جمهوری ایران (1388) گفت: «من در شورای عالی هلالاحمر بودم. زمانی که گروهها برای سرکشی به منازل آسیب دیدگان فتنه میرفتند، خانوادهها میگفتند قبل از شما آقای نجفی با خانم م.الف. آمده و گفتهاند که "ما نماینده موسوی و کروبی هستیم، چرا شما مدعی شهدایی که دادهاید، نمیشوید؟"».
محمد علی نجفی نیز در دفاع از خود سرکشی به خانوادههای آسیبدیده را مطابق مصوبه شورای شهر تهران دانست. اما این دفاعیه نجفی نیز با تکذیبیه چمران رئیس شورای شهر تهران بیاثر شده بود.
پس از آنکه محمد علی نجفی نتوانست رأی اعتماد نمایندگان مجلس برای تکیه زدن به کرسی ریاست وزارت آموزش و پرورش را کسب کند حجتالاسلام حسن روحانی در تاریخ 24 مرداد سال 94 و تنها دو روز پس از عدم توفیق نجفی در کسب رأی اعتماد نمایندگان وی را بهعنوان رئیس سازمان گردشگری و میراث فرهنگی منصوب کرد.
اما نجفی در پست ریاست سازمان میراث فرهنگی و گردشگری نیز بهدور از حواشی نبود، اظهار نظر درباره اینکه "اشکالی ندارد خانمها نیز از قلیان استفاده کنند و اینکه باز پس دادن مجسمه شیردال از سوی آمریکاییها هرچند این مجسمه اصلی نباشد، نشان از حسن نیت آنها است" از جمله حواشی وزیر پیشنهادی دولت برای جایگزینی علی اصغر فانی در وزارت آموزش و پرورش در زمان ریاست وی بر سازمان میراث فرهنگی و گردشگری است.
پس از استعفای نجفی از ریاست سازمان میراث فرهنگی و گردشگری در تاریخ 10 بهمن 92 وی از سوی رئیس جمهور بهعنوان رئیس ستاد هماهنگی اقتصادی دولت انتخاب شد و پس از استیضاح فرجی دانا در 29 مرداد 93 وی بهعنوان سرپرست وزارت علوم، تحقیقات و فناوری منصوب شد.
نجفی هماکنون مشاور اقتصادی رئیس جمهور، عضو شورای عالی میراث فرهنگی و عضو شورای سازمان پژوهش و برنامهریزی آموزشی است.