وی در واکنش به شایعه قهرش از پرسپولیس عنوان کرد: «اصلا قهری در کار نیست. من اهل فیلم بازی کردن نیستم و بارها گفتم که در کنار پرسپولیس هستم. بگذارید این رسانه هایی که از این شایعات منتشر می کنند، به کارشان ادامه دهند چون برای من اصلا مهم نیست.»
مربی تیم فوتبال پرسپولیس در پاسخ به این سوال که غیبت او در تمرینات به پرسپولیس ضربه نمی زند، تصریح کرد: «الان تیم در دوران آماده سازی است و مطمئن باشید که هیچ ضربه ای از غیبت من به پرسپولیس وارد نمی شود. برانکو و دستیارانش در ترکیه به دنبال آماده کردن تیم هستند و وقتی به تهران برگردند قطعا در خدمت پرسپولیس هستم. همانطور که گفتم باید یکسری کارها را در تهران انجام می دادم وگرنه مشکلی برای حضور من در ترکیه وجود نداشت.»
باقری درباره انتقاداتی که به نقل و انتقالات پرسپولیس می شود، گفت: «قبلا در این باره صحبت هایم را کرده ام. به هر حال باشگاه یک ساختاری دارد و طبق لیستی که سرمربی داده، بازیکنانش را جذب می کند. بهتر است خود برانکو و مسئولان باشگاه در این باره پاسخگو باشند. البته من بارها دیدم مدیران پرسپولیس تمام وقت خود را صرف نقل و انتقالات می کنند و هر چه به صلاح باشد، برای پرسپولیس تصمیم گیری می کنند.»