وی ضمن انتقاد از اینکه ما دم از وحدت میزنیم ولی اجازه ساخت یک مسجد به اهل سنت در تهران را نمی دهیم، اظهار داشت: برخی مداحان صرفاً بر طبل تفرقه میکوبند.
نماینده مردم تهران افزود: در نهم دی 88 مردم با قطع نظر از تخلفات هر دو طرف فتنه به دفاع از انقلاب اسلامی پرداختند.
مطهری در بخش دیگری از نطق میان دستور خود با بیان این مطلب که دولت بهتر است در مسئله پرداخت 4.1 میلیارد به جای ایجاد تنش با مجلس به این امر اعتراف و سپس عذرخواهی می کرد، تاکید کرد: از این دولت انتظار نداریم که اشتباهات دولت گذشته را تکرار کند.
وی حصر سران فتنه را خلاف قانونی اساسی تلقی کرد و در این رابطه، بیان داشت: این امر بدون حکم قضایی همچنان خلاف اصول متعدد قانون اساسی است و ادامه آن را به زیان انقلاب اسلامی میدانم و معتقدم در این زمینه شورای عالی امنیت ملی به ریاست رئیس جمهور و قوه قضائیه کوتاهی کردند. مطهری در همین زمینه، افزود: همه می دانند که من هیچ تعلق خاطری به آقای موسوی و کروبی ندارم.
در پی اظهارات مطهری، حمعی از نمایندگان به سخنان وی شدیدا اعتراض کرده و شعار مرگ بر فتنه گر سر دادند.
ابوترابی فرد که ریاست جلسه علنی مجلس را بر عهده داشت در پی این اظهارات خطاب به مطهری گفت: جناب مطهری خود جنابعالی در فضای واقعی کشور قرار دارید انچه در مورد افراد انجام شده با نهایت رافت و رحمت اسلامی انجام شده اگر اراده بر رافت نبود قطعا بگونه دیگر رفتار می شد. از جنابعالی انتظار می رود که مصالح ملی واحکام شرعی رعایت شود. شما صحبتی می کنید، انظباط مجلس بهم می ریزد. شما وقتی در جریان این وقایع هستید اینگوه احکامی که تصمیم نظام بر انجام آن تعلق گرفته و بر اساس احکام قطعی شرعی و اختیاراتی که قانونی اساسی باید رعایت شود.