دفتر حفظ و نشر آثار آیتالله العظمی خامنهای، در 12 شهریور 1364 در سالروز عید سعید غدیر خم، امام خمینی طی مراسم ویژهای که در حسینیه جماران برگزار شد، حکم ریاست جمهوری آیتالله سید علی خامنهای را تنفیذ فرمودند.
در این مراسم که آقایان هاشمی رفسنجانی رئیس مجلس شورای اسلامی، آیتالله موسوی اردبیلی رئیس دیوانهای کشور، مهندس موسوی نخستوزیر، نمایندگان مجلس خبرگان، اعضای شورای نگهبان، شورای عالی قضایی، هیئت دولت، جمعی از نمایندگان مجلس شورای اسلام، ائمه جمعه مراکز استان و جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، روحانیت مبارز تهران، وعاظ تهران، بازرسی کل کشور، دیوان عدالت اداری، ستاد مشترک، نیروهای زمینی، دریایی و هوایی، شورای عالی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، مدیر عامل و جمعی از مسئولان صدا و سیما، سفرا و کارداران کشورهای خارجی و .... حضور داشتند، ابتدا حجتالاسلام حاج سید احمد خمینی متن نامهی شورای نگهبان خطاب به وزارت کشور که صحت انتخابات چهارمین دورهی ریاستجمهوری را تائید کرده بود و نیز متن اعتبار نامه تائیدیه شورای نگهبان و نامهی وزیر کشور به محضر امام امت و متن تنفیذ را قرائت کرد.
در بخشی از حکم تنفیذ آمده بود که: «اینک به پیروی از آراء محترم ملّت عظیم الشان و آشنایی به مقام تعهد و خدمتگزاری دانشمند محترم جناب حجتالاسلام و المسلمین آقای سید علی خامنهای آرای ملّت را برای پس از پایان دورهی کنونی تنفیذ، و ایشان را به سمت ریاست جمهوری اسلامی ایران منصوب مینمایم».
رئیس جمهور هم در این دیدار تاکید کردند: «بنده با همهی وجود خودم این سنگینی را احساس میکنم، لمس میکنم و معتقدم از حالا به بعد هم مثل تا حالا بدون فیض الهی و کمک پروردگار و بدون اعانت و نظر لطف امام و امت، کاری از من و از همهی کسانی که با من همکاری خواهند کرد، ساخته نخواهد بود».
پیش از این حضرت امام خمینی طی بیانات مبسوطی فرمودند: «من به آقای رئیسجمهور عرض میکنم چهار سال گذشت و چهار سالها میگذرد و همهی حکومتها همینطور است، میگذرد. آنکه خواهد گذشت اعمال است که ما انجام میدهیم».
«جوانها را تربیت کنید به این که مستقیم باشند، خداخواه باشند. ادارات را اصلاح کنید و همه چیز را برای این مردم ستمدیده خدمت کنید. این مردمی که شما را به اینجا رساندند و اگر اینجا نبودند حالا یا در حبسها بودید یا در قبرستانها، برای اینها باید خدمت کنید».
گفتنی است در تاریخ 28 مرداد 1364 آیتالله خامنهای با اخذ اکثریت مطلق آراء، به عنوان رئیسجمهوری ایران برگزیده شد.