بعد از آن با به صدا درآمدن ناقوس جنگ، با لبیک به ندای امام(ره) به جبهه های نبرد شتافت. در جبهه هم، همواره مشغول به تحصیل بود و در واقع جنگ و تحصیل را با هم داشت تا اینکه در سال 1364 در دانشگاه شهید باهنر کرمان در رشته پزشکی قبول شد و در ادامه از کرمان به دانشگاه علوم پزشکی بابل انتقال یافت.
سردار سید علی اکبر شجاعیان، در جبهه مسئولیت جانشینی گردان های یارسول(ص) و فاطمة الزهرا(س) از لشکر ویژه25 کربلا را برعهده داشت. گردان يارسول (ص)، گردان خطشكن بود. هركس حال و هواي شهادت داشت به زور هم كه شده خودش را به آن گردان ميرساند. آوازه ی سيدعلي اكبر در بين همه بچههاي لشكر پيچيده بود. خيليها دوست داشتند در كنار دانشجوي شجاعي باشند كه هم در معنويت پيشتاز بود و هم مغز متفكر طراحي عملياتهاي گردان بود. روزها سرش خيلي شلوغ بود اما شبها راحتتر ميشد او را ديد. به خصوص بعد از نماز شب و قبل از اذان صبح كه بي سر و صدا آفتابههاي دستشويي گردان را يك به يك ميبرد زير تانكر آب و پر ميكرد تا به رزمندگان اسلام خدمتي كرده باشد.
در مدت حضور در جبهه دو بار مجروح شد، بار اول در عملیات رمضان در منطقه ام الرصاص با تیر مستقیم دشمن از ناحیه دست راست و بار دیگر در عملیات کربلای 4 در منطقه ام الرصاص با اصابت ترکش از ناحیه شکم بشدت مجروح شد ولی هر دو بار قبل از بهبودی کامل، دوباره عازم جبهه های نبرد می شد.
برادرش سيد محمد كه شهيد شد، خيليها اصرار كردند تا نزد خانواده اش بماند، ميگفتند: خانواده شما دينش را ادا كرده، اما سیدعلی اکبر در جواب ميگفت: «محمد تكليف خودش را انجام داده، نه تكليف مرا» وقتي مارش كربلاي 10 را شنيد ديگر معطل نكرد. نوار وصيتنامه علی اكبر به جاي سخنراني سالگرد محمد از بلندگو پخش شد.
و سرانجام سید علی اکبر شجاعیان پس از 6 سال حضور در جنگ و شرکت در عملیات های مختلف، در جریان عملیات کربلای10در تاریخ 30 فروردین ماه سال 1366 در منطقه ی ماووت (کردستان) بر اثر ترکش خمپاره به آرزوی شش ساله اش دست یافت و اینگونه بود که بعد از سید محمد، سید علی اکبر، دومین فرزند سید حسین شجاعیان نیز به شهادت رسید. پیکر مطهر علی اکبر در هفتم اردیبهشت در گلزار شهدای دیوکلای امیرکلا و در کنار برادرش محمد به خاک سپرده شد.
پدر گرانقدر علی اکبر و محمد شجاعیان می گوید: گاهی اوقات خیلی دلتنگشان می شوم و از خدا می خواهم برای یکبار هم که شده دوباره ببینمشان. اصلا بخاطر آنها بود که در کلاس نهضت سواد آموزی شرکت کردم تا بتوانم وصیت نامه های شان را بخوانم و همیشه با یاد و خاطره ی آنان زندگی کنم.
سیده طاهره مادر مکرمه شهیدان شجاعیان تعریف می کند. در مكه از خدا خواستم باز هم بچههايم را در خواب ببينم. يك شب علياكبر و محمد كلاسور به دست آمدند به خوابم. گفتند: مادرجان چرا اينقدر بيقراري ميكني؟ مگر دنيا ارزشي دارد؟ ما داريم اينجا زندگي ميكنيم. هر دو لبخند زدند، دلتنگي نكنيد. ما هميشه پيش شما هستيم....
فرازهایی از وصیت نامه ی الهی سردار شهید دکتر سید علی اکبر شجاعیان
شش سال است كه منتظر اين وصالم، وصالي كه دلم را به آتش كشيد
خدایا به نام تو و به یاد تو و به امید تو
...شهادت می دهم که حسین بن علی(ع) خون خداست.
...ای آنان که ایمان آورده اید چه شده است که وقتی شما را برای جهاد و هجرت در راه خدا می خوانند به زمین می چسبید؟ مردم برخیزید که صدای هل من ناصر حسین بن علی می آید. این طنین پرخروش انقلاب اسلامی است. این فریاد مظلومیت شیعه در تاریخ است. این طغیان علیه ظلم است. ای انسان های به خواب رفته بیدار شوید دیگر وقت هوشیاری است. نکند که خواب مرگ، گریبان شما را بگیرد. زنده شدن شما بستگی به لبیک گفتن به ندای حق دارد. و بسته به آری گفتن به حسین بن علی. نه آنکه فکر کنید اگر به جنگ نروید، زنده می مانید. نه! نه! هرگز! شمایی که بستری نرم و غذایی گرم و لذت زودگذر دنیای فانی را انتخاب نموده اید در قبال آخرت که دار باقی است، شما مرده اید. مرده ای متحرک، این جسم تان است که حرکت می کند و غذا می خورد و می خوابد. شما مرده اید برای همین است که گوش دل تان حق را نمی شنود و چشم دل تان نور الهی را. قلب های تان بر اثر گناه ترک جهاد و عدم یاری مظلوم در مقابل ظالم کدر و سیاه شده.
مرغ باغ ملکوتم نیم از عالم خاک
چند روزی قفسی ساخته اند از بدنم
...مادر جان! درست است که داغ محمد و زهرا قلب پاکت را به درد آورده ولی مادر جان بر زینب چه گذشت؟
مادر جان! اکبرت از روزی که به جبهه آمد، زنده شده و متولد شد. مادر جان! دوست داشتم در کنار شما باشم ولی مادرم، تو دوست داشته باش که با هم در کنار و جوار زهرای اطهر باشیم. تا تو هم سربلند باشی در روزی که همه سرافکنده هستند.
مادر جان! اگر جسد ناقابلم آمد خودت خاکم کن. تو را به صبری توصیه می کنم که زینب داشت. تو نیز باید پیام خون من و محمد را به گوش همه برسانی و بگویی که هدف شان برپایی نظام اسلامی و گرفتن حق مظلوم از ظالم بود.
مادر جان! دوستان و شهدا و از همه مهم تر حسین بن علی منتظر ما هستند. آیا جایز است که مهم ترین واجب الهی را ترک کنم؟ آیا می توانم شاهد به خاک و خون کشیده شدن بهترین عزیزانم و بهترین دوستان و شاهد به خاک و خون کشیده شدن اطفال بی گناه دزفولی و بروجردی و میانه و دیگر شهرهای ایران باشم و در بستر خوش بخوابم.؟
مادر جان! من سالهاست که عاشق کشته شدن در این راه شده ام ولی حالا دیوانه ی شهادت شده ام. درست است که با عقل حسابگر مادی جور در نمی آید. بعد از شهادتم چون سید ام، پرچم سبز آل محمد (ص) را بر در خانه زن و افتخار کن که اکبر عزیزت به آرزوی دیرینه اش رسید.
شش سال است كه منتظر بودم. شش سال است كه منتظر اين عشقم. منتظر اين وصالم وصالي كه دلم را به آتش كشيد. آيا ميشود از قفس تنگ و كوچك تن رهيد؟...
خداي من! شيريني وصلت چگونه است؟ ميدانم كه تكه تكه شدن و سوختن در راه معبود درد و رنج ندارد، نه! لذت دارد، لذت....
ارائه مدرک دکتری افتخاری بعد از شهادت
روح مان با یادش شاد، با ذکر صلوات