اولین اظهار نظر رسمی علی مطهری در خصوص حضورش در انتخابات مجلس
هشتم به ۲۰ دی ماه ۸۶ باز می گردد زمانی که پس از ثبت نام در انتخابات مجلس
هشتم گفت:« با توجه به اينكه گروههاي اصلاح طلب با تمام توان وارد عرصه
انتخابات شدند، من احساس خطر كرده و براساس وظيفه ثبتنام كردم.»
علی مطهری اما پیش از این در مقاله ای که در روزنامه کیهان در اسفند ۸۴ به مدیر مسئولی حسین شریعتمداری منتشر شده بود نسبت به اهمال اصلاح طلبان به ویژه در خصوص حجاب اعتراض کرده بود و نوشت:« مسئله پوشش اسلامي در جامعه مان چند سالي است كه به سبب اهمال مسئولان خصوصاً در دوره اصلاح طلبي رنگ باخته است و مي رود كه مسئله بي حجابي به صورت يك امر عادي و طبيعي درآيد»
فرزند استاد مطهری حتی در تعریف و تمجید از انتخاب احمدی نژاد در تاریخ شهریور ۸۵ پا را فراتر از حد طبیعی گذاشت و در نامه ای خطاب به وی نوشت:«بدون شك انتخاب جنابعالي به عنوان رئيس جمهور در سال گذشته از الطاف خفيه الهي بود و مردم با انتخاب خود انقلاب اسلامي را به مسير اصلي آن بازگرداندند و خطر بزرگي يعني غربزدگي و ايدئولوژيگريزي را كه تشخيص آن براي توده مردم مشكل بود از اين انقلاب الهي دفع كردند. این دولت بیش از دولت های پیشین در مسیر عدالت علی (ع) حرکت کرده است و البته کسانی که مانند دوره عثمان به تبعیض عادت کردهاند مشکلاتی ایجاد کرده و خواهند کرد.»
مطهری حتی نسبت به اظهار نظر های افرادی چون حسین مرعشی برادر همسر آقای هاشمی که ادعا کرده بود اسلام نظام اقتصادی ندارد مقاله ای تند و تیز در مرداد ۸۶ نوشت و کنایه وار خطاب به آقای هاشمی گفت:«حال سوال اين است كه چرا افرادي با چنين افكاري سالها در پستهاي حساس نظام جمهوري اسلامي مسووليت داشته اند؟ اميدواريم مسوولان در انتصابات خود بيشتر، افكار افراد را مورد توجه قرار دهند و نه روابط حزبي و گروهي و احيانا فاميلي.»
با گذشت چند ماه از عمر مجلس هشتم، اظهارات علی مطهری در برخورد و مخالفت با مواضع و اقدامات دولت و به ویژه شخص رئیس جمهور، تصویری که تا پیش از این از وی به عنوان یک حامی سرسخت دولت در افکار عمومی شکل گرفته بود، تغییر داد.